В ФГБНУ НЦПЗ проводится большая педагогическая работа по клинической и научной подготовке молодых врачей, клинических ординаторов, аспирантов. В его стенах прошли обучение около 500 аспирантов и ординаторов, а также стажеров из различных регионов России и зарубежных стран.Сотрудники Центра участвуют в проведении циклов усовершенствования врачей-психиатров и профессорско-преподавательского состава кафедр психиатрии ВУЗ'ов РФ, читают лекции, проводят диагностические семинары с разбором больных, что способствует внедрению в практику новейших достижений психиатрической науки. В Центре работает Совет молодых ученых, создан отдел по подготовке специалистов в области психиатрии (отдел ординатуры и аспирантуры), который регулярно проводит клинические ординаторские конференции с клиническими разборами больных под руководством ведущих клиницистов Центра, организовывает лекции о новейших достижениях в биологической психиатрии, патопсихологии, молекулярной генетике, нейрофизиологии, психофармакологии, организации психиатрической помощи и др. Ежегодно в ФГБНУ НЦПЗ проводятся научные конференции молодых ученых Центра, посвященные памяти А.В.Снежневского. В последние годы возрождается традиция организации и проведения школ молодых психиатров из разных регионов России по обсуждению и обучению актуальных проблем современной психиатрии (Кострома, 2010, 2014). На базе ФГБНУ НЦПЗ действует ежемесячный образовательный семинар по подготовке врачей ПНД и призывных комиссий военкоматов в области диагностики и лечения психических заболеваний в подростково-юношеском возрасте (руководитель — Н.В.Симашкова). Центр активно сотрудничает с кафедрой психиатрии Российской медицинской Академии последипломного образования (зав. А.С.Тиганов). Создано и работает научно-учебное объединение с Первым московским медицинским университетом им. И.М. Сеченова, в структуре которого образована кафедра психиатрии и психосоматики факультета послевузовского профессионального образования (зав. - А.Б.Смулевич) с функцией подготовки специалистов в области психосоматических психических расстройств.